Ладожане, а затем новгородцы, с XI века достигавшие низовий Печоры, несли с собой православную культуру. Были ли попытки с их стороны христианизации местных жителей, доподлинно неизвестно.В 1499 году в результате большого похода за Урал был основан Пустозерск – первый русский город за Полярным кругом. Сопредельные территории - Пинега, Кевроль, Мезень вместе с Вятской землёй после падения Новгорода, ещё раньше, в 1471 г., отошли под непосредственную власть московских митрополитов.
В XVI-XVII вв. Нижнепечорье, вероятно, административно входило в состав Великопермской и Вологодской епархии.
Епископы Великопермские и Вологодские:
- Филофей (1472—1501)
-
Никон (1502-1514)
-
Протасий (Тарасий) (1514-1520)
-
Пимен (Ходыкин) (1520 - 1524)
-
Алексий (1525—1543)
-
Киприан (1547—1558)
-
Иоасаф (1560—1566).
-
Макарий (1568 - 1574)
-
Варлаам I (1576 -1584)
-
Св. Антоний (1585—1588)
В 1502 году образована Пустозерская волость, правителем которой стал православный пермский князь Феодор Васильевич Вымский, участник похода 1499-1500 годов.
По сообщениям дипломата австрийского двора барона С. Герберштейна, жители Печоры – «люди простого ума» - приняли крещение в 1518 году. Скорее всего, именно эту дату стоит считать начальной точкой истории Пустозерского прихода, который вплоть до 40-х годов XIX столетия оставался одним из обширнейших и богатейших в крае.
Итальянский историк Павел Иовий сообщает в 1525 году, что «жители Пермии и Печоры незадолго до нашего времени, наподобие язычников, приносили жертвы идолам, теперь же они чтут Господа Христа».
Уже в 1545 году в грамоте Ивана IV Грозного, жалованной канинским и тиманским самоедам впервые упоминаются три пустозерские церкви - Преображенская, Введенская и Никольская, владевшие тоней «Мелкой» на морском побережье.